기초연구진흥법에서 독립한 '기업부설연구소법', 무엇이 바뀌었나
2026년 2월 1일부터 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」(이하 기업부설연구소법)과 시행령(대통령령 제36055호), 시행규칙이 시행되고 있습니다. 그동안 기초연구진흥법 안에 들어 있던 기업부설연구소·연구개발전담부서 인정제도를 별도 법률로 떼어 낸 것입니다.
이번 개편은 두 방향으로 나뉩니다. 연구공간과 인력 요건은 유연하게 풀었고, 사후관리는 강화했습니다. 연구소 인정은 여러 혜택의 전제 조건입니다. 연구·인력개발비 세액공제, 연구전담요원 인건비 공제, 정부 R&D 신청 자격과 가점, 전문연구요원(병역특례) 배정이 모두 인정에 걸려 있습니다. 그래서 인정을 유지하는 일은 곧 회사 자금과 직결됩니다.
완화된 요건, 중소기업이 활용할 수 있는 것
강화된 관리, 현장조사와 직권취소
과학기술정보통신부 장관은 인정기준이 유지되는지, 변경신고 사항이 맞는지 확인하려고 현장조사를 할 수 있습니다. 정당한 사유 없이 조사를 거부·방해·기피하면 그 자체가 인정취소 사유가 됩니다.
더 큰 변화는 직권취소 대상이 된 연구소는 자진취소로 대신할 수 없다는 점입니다. 문제가 드러날 것 같으면 먼저 취소 신고를 하고 빠져나가던 방식이 막혔습니다. 형식 요건만 갖춘 '간판 연구소'로 세액공제를 받는 사례가 국정감사와 언론에서 반복해서 지적된 것이 배경입니다.
현장조사에서 실제로 보는 것, 자주 걸리는 유형
예를 들어 연구전담요원 3명으로 인정받은 소기업에서 1명이 퇴사한 뒤 충원하지도 신고하지도 않았다면, 인원 요건 미달과 변경신고 누락이 함께 지적될 수 있습니다.
연말 세액공제 신고 전 셀프 점검 체크리스트
신규 설립·전담부서 전환을 검토하는 기업의 선택지
연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상이면 됩니다. 연구소는 기존 기준으로 벤처기업 2명, 소기업 3명(창업 3년 이내 2명), 중기업 5명 이상이 필요합니다. 세부 기준은 새 시행령에서 다시 확인해야 합니다. 인력이 적은 초기 기업은 전담부서로 시작해 인원이 늘면 연구소로 전환하는 경로가 현실적입니다. 이동벽체 구획이 허용된 만큼 공간 확보 부담도 전보다 작습니다.
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