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정부지원사업
2026-10-127분2

연구비 부정사용 제재부가금 5배→30배, 참여제한 10년→20년 — 2027년 3월 시행 국가연구개발혁신법 개정, 중소기업 R&D 수행기업의 연구비 집행·증빙 점검 가이드

2027년 3월 시행 예정인 국가연구개발혁신법 개정으로 연구비 부정사용 제재부가금 상한이 5배에서 30배로, 참여제한 상한이 10년에서 20년으로 높아집니다. 중소기업 R&D 수행기업이 시행 전에 점검해야 할 연구비 집행·증빙 관리 항목을 정리했습니다.

KITIM 컨설팅팀

무엇이 바뀌었나 — 8월 20일 국회 통과, 9월 8일 국무회의 의결

국가연구개발혁신법 일부개정법률이 2026년 8월 20일 국회 본회의를 통과했고, 9월 8일 국무회의에서 공포안이 의결됐습니다. 과학기술정보통신부는 이 법이 2027년 3월 시행 예정이라고 밝혔습니다. 정확한 공포일과 시행일은 법제처 국가법령정보센터에서 확인하시기 바랍니다.

이번 개정은 과기정통부가 이어 온 연구행정 혁신의 연장선에 있습니다. 연구 자율성을 넓힌 만큼 책임도 강화한다는 것이 기조입니다.

제재 상한 두 가지 — 참여제한 20년, 제재부가금 30배

  • 참여제한 기간 상한: 현행 10년 → 20년
  • 제재부가금 부과 상한: 이미 지급한 정부지원연구개발비의 5배 → 30배
  • 수사기관 고발 근거: 범죄 혐의가 의심되는 경우 고발할 수 있는 근거 마련
  • 두 수치는 모두 상한입니다. 과기정통부는 악의적·상습적으로 연구비를 부정 사용한 경우를 겨냥한 조치라고 설명했습니다. 학생인건비 편취나 연구비 사적 유용 같은 중대한 부정행위가 대상이며, 모든 위반에 30배가 부과되는 것은 아닙니다.

    위반 유형별 부과 기준은 시행령에서 정해집니다. 과기정통부는 시행 시점에 맞춰 시행령을 정비하고 현장 의견을 수렴하겠다고 밝혔으며, 2026년 10월 현재 구체적 기준은 미확정입니다.

    강화만 있는 것이 아니다 — 도전적 연구 보호와 연구비 사용 유연화

    개정법은 도전적 연구를 보호하는 내용도 담고 있습니다.

  • 후속 연구 기회: 목표를 달성하지 못했어도 정당한 시행착오를 거친 우수 도전 과제에는 후속 지원을 확대합니다.
  • 연구비 사용용도 네거티브 전환: 사용할 수 없는 항목만 명시하는 방식이 함께 추진됩니다. 다만 대상은 비영리기관이므로, 영리기업인 중소기업에 그대로 적용된다고 보시면 안 됩니다.
  • 결국 '성실 실패'와 '부정행위'를 가르는 기준이 더 중요해집니다. 실패 자체는 보호받지만, 그 과정을 기록으로 입증하지 못하면 보호받기 어렵습니다.

    중소기업에서 실제로 문제가 되는 집행 유형

    참여연구원 인건비

  • 실제 참여하지 않은 인력의 등재
  • 실제 업무 비중보다 높은 참여율 계상
  • 퇴사자·부서 이동자를 참여연구원에서 정리하지 않은 경우
  • 연구재료비·장비비

  • 과제와 무관한 물품 구매
  • 거래처를 통한 허위·과다 계상
  • 세금계산서와 실물(수량·규격·납품일)의 불일치
  • 위탁·외주

  • 특수관계 업체와의 거래
  • 결과물이 남지 않은 용역
  • 고의가 없어도 문제가 될 수 있습니다. 퇴사자 인건비가 몇 달간 계속 집행됐거나, 양산용 자재와 연구용 자재를 구분 없이 구매한 경우가 대표적입니다. 관리 부실이라도 증빙으로 소명하지 못하면 부정사용으로 판단될 수 있습니다.

    시행 전 점검할 연구비 관리체계

  • 기록의 일치: 연구노트, 참여연구원 근무기록, 4대보험 자료가 서로 맞는지 대조합니다.
  • 담당자 분리: 구매 요청, 검수, 지급을 서로 다른 사람이 맡도록 합니다.
  • 증빙 보관: 협약과 관련 규정이 정한 보관 기간을 확인하고, 과제별로 정리합니다.
  • 입력·점검 주기: IRIS, 통합이지바로(Ezbaro) 등 연구비 관리시스템의 입력 주기와 내부 점검 주기를 정합니다. 월 1회 자체 점검을 권장합니다.
  • 역할 문서화: 대표이사, 연구책임자, 회계담당의 역할을 내부 규정으로 남깁니다.
  • 진행 중인 과제에도 적용되나 — 확인해야 할 경과규정

    시행 전에 발생한 위반행위에 강화된 상한이 적용되는지는 개정법 부칙 확인이 필요합니다. 행정기본법은 제재처분에 위반행위 당시의 법령을 적용하는 것을 원칙으로 하지만, 개별 법률에 특별한 규정이 있으면 달라집니다. 시행 전후에 걸쳐 이어지는 행위도 별도로 따져봐야 합니다.

    전문기관에서 정밀정산이나 특별평가 통지를 받으셨다면 다음 순서로 대응하십시오.

  • 통지서의 지적 사항과 제출 기한을 확인합니다.
  • 항목별 증빙을 모아 소명자료를 제출합니다.
  • 정산 결과에 이견이 있으면 이의신청을 합니다.
  • 제재처분 사전통지를 받으면 기한 내에 의견을 제출하고, 연구자권익보호위원회에 재검토를 요청할 수 있습니다.
  • 기한을 넘기면 다툴 기회가 사라지므로, 통지서에 적힌 날짜부터 확인하셔야 합니다.

    KITIM과 함께 준비하기

    한국기술혁신경영연구원(KITIM)은 중소기업 R&D 과제의 연구비 관리를 단계별로 지원합니다. 협약 단계의 연구비 편성 자문, 수행 중 자체점검, 정산 대비 증빙 정비까지 함께합니다. 법 시행 전에 관리체계를 점검하고 싶으시다면 KITIM 홈페이지의 상담 신청을 통해 문의해 주십시오. 귀사의 과제 현황에 맞춰 안내해 드리겠습니다.

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